Oberstes Organ des AGB ist die Delegiertenversammlung. Sie tagt vier bis fünf Mal jährlich und trifft die grundsätzlichen Entscheide, fasst Parolen zu Abstimmungen und gibt Wahlempfehlungen ab.

Die Delegiertenversammlung ist Wahlbehörde für den Vorstand sowie die Finanz- und Rechnungsprüfungskommission. Ebenfalls von der DV gewählt wird der AGB-Sekretär.

Der Kantonalvorstand ist die Exekutive des AGB. Er zählt 15 Mitglieder und tagt in der Regel alle zwei Monate. Bei Abstimmungen und Wahlen stellt der Kantonalvorstand Anträge zu Handen der Delegiertenversammlung.

Präsididiert wird der AGB seit 1995 von SP-Nationalrat Urs Hofmann (Aarau). Das Sekretariat leitet seit 1989 Renato Mazzocco. Neben der Geschäftsführung obliegt ihm die Leitung und Koordination der Rechtsauskunftsstelle der Aargauer Gewerkschaften.

Das Sekretariat ist auch verantwortlich für das Lobbying gegenüber Verwaltung, Regierungsat, Grosser Rat, Wirtschaftsverbänden sowie den Parteien.